牟尼沟不仅自然风光瑰丽，还有浓郁的宗教文化氛围，藏传佛教在此与自然美景融合在一起，形成极其独特的韵味。牟尼沟的藏传佛教主要是格鲁教派，即“黄教”，主要寺庙有肖包寺和牟尼后寺，它们是黄龙景区较有影响的寺庙。
肖包寺：
肖包寺距牟尼沟3.7公里，始建于公元1549年，至今已有449余年历史。寺院占地6000余平方米。寺院内有一块“佛石”，上面有天然生成的佛教图像，肖包寺因此而得名。“肖”即“佛石”、 “包”即佛石的形像。肖包寺由于地处牟尼沟旅游必经之地，寺庙建在公路旁边，加之这里地势开阔，既有草地风光，又兼具了峡谷景观。草地、山川、河流、松树融为一体，自然形成了一道独特的亮丽景观。
牟尼后寺：
牟尼后寺座落在风景秀丽的扎嘎沟内，寺院依山傍水，背面是茂密的原始森林，正面是隆岗沟，左面是气势宏伟的扎嘎瀑布。海拔3045米，属格鲁教派，始建于 1663年，至今已有335年的历史。寺内藏有大量珍贵藏传佛教文物，夏日，风和日丽、艳阳高照、游客在寺院里就可以感受到扎嘎瀑布那惊心动魄的大自然之神美。每年农历1月15日和7月15日都要举行大型宗教活动。
卓锦节：
牟尼沟，这片古老神奇的土地上的藏家人，在长期的历史生活与现代文明气息的交替融汇中，至今都一直保持和继承了特有的原始古朴的更具浪漫色彩的生活习性。因此造就和形成了藏民族这一独具特色的民族民间风情。卓锦节，每年农历五月十五日举行。卓锦节的到来，使居住在牟尼沟这片生气土地上藏家人的生活更加丰富多彩，夏日的五月，牟尼沟高原景区，风景秀丽、水草丰茂、草地上牛羊肥壮，山坡上青松翠绿、野花烂漫，农闲之余的牟尼沟藏家人，身着艳丽的服装，或三两家或十来家人，或全村寨或邻近村落聚集在一起，纷纷带上自己家中最好吃的美味佳肴，到野外开阔的草地上安营扎寨，乘闲游乐，去狂欢，去追忆，去畅想。
卓锦节，是牟尼沟藏家人锦上添花的日子，也是继藏民族传统的朝会之后，逐步推向高峰的夏起里盛大的野宴聚会。这期间，活动内容丰富多彩，有传统的竞技表演如：赛马、赛牦牛、摔跤、下棋等，更有藏家人约定俗成的歌舞表演如跳锅庄，踢踏舞、弦子舞等。夜晚，在旷野烧起熊熊燃烧的篝火，人们围着篝火烤全羊、饮咂酒……
卓锦节，是牟尼沟藏家人历史与现实生活的缩影，是他们象雄鹰一样搏击风暴翱翔苍穹的精神风貌的展现。卓锦节掀起了昂扬的激情，感染了这里的游览的中外游客，也是牟尼沟景区开发以来游客自觉加入其中的最完美的自娱自乐活动，置身其中，使人终生难忘。